В МБОУ ЦО № 9 сложилась эффективная система работы физкультурно-оздоровительного и спортивного направления. Эта система включает в себя общешкольные спортивно-оздоровительные мероприятия ("День здоровья", "Веселые старты", "Пара, мама, я - спортивная семья" и др.), работу кружков и секций, общешкольные спартакиады и соревнования по различным видам спорта, использование преподавателями физической культуры различных методик и игровых программ. Спортивно-оздоровительная работа Центра образования направлена на пропаганду здорового образа жизни и внедрение физической культуры в дизнь каждого ученика.
В МБОУ ЦО № 9 создан Школьный спортивный клуб. Расписание секций Школьного спортивного клуба:
"Спортивные игры" - понедельник: 14.50 - 16.30
"Баскетбол" - вторник: 15.00 - 17.00, четверг: 15.00 - 17.00
"Бадминтон" - четверг: 14.20 - 15.05
"Шахматы" - пятница: 14.50 - 16.25